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一、贮藏水稻种子首先要把好晒场关
早晨收获的水稻，由于朝露影响，种子水分可达28％—30％，午后收割的在25％左右。一般曝晒2－3天即可使种子水分符合入库标准。
晒种时要薄摊、多翻动，以防受热不均而发生爆腰，特别是水泥晒场更应注意这一问题。
出晒前还应预热场地，以防因场地与受热种子温差大而发生水分转移，影响干燥效果。机械烘干温度不能过高，防止灼伤种子。
二、储存水稻种子必须严格控制水分
水稻种子在贮藏前必须达到安全水分标准才能进仓。水稻种子的安全水分的标准应随品种、贮藏季节与当地的气候特点分别拟定。一般情况下，粳稻可高些，籼稻可低些；晚稻可高些，早中稻可较低；气温低可高些，气温高可较低。北方较南方可高些。
根据有关试验，种子水分降低到6％左右，温度在0℃左右，可以长期贮藏而不影响发芽率；种子水分在13％以下，可以安全过夏(国家标准规定水分不高于13％)；水分在14％以上，不论籼、粳稻种子贮藏到翌年6月份以后，发芽率均有下降趋势；水分在15％以上，贮藏到翌年8月份以后，发芽率几乎全部丧失。
由此可见，种子水分与温度密切相关。
三、储存水稻种子要注意防仓内结露
水稻种子的结露现象往往发生在寒暖转变时间，由于气温的急变，稻谷表层和其他部分发生显著温差而造成。如不及时处理，就可能引起发热、霉变、发芽等严重后果。
防止仓内结露最根本的措施是保持种子堆的各部分温度基本上平衡，使不致发生水分的再支配。如进仓时，种温差异大，或贮藏期间受到外界环境因素的强烈影响，种子堆各部分已发生水分再分配现象，则应进行合理通风，以达到降温降湿的目的。
秋季入库的种子，要冷却后再入库，夏季要注意地面温度与种子底层的温度相一致，为了防止吸湿回潮，可采取密闭贮藏。
四、注意防治虫、霉为害
我国产稻地区大多数高温多湿，容易产生仓虫，通常在种子入库前就已经感染，如条件适宜，则会迅速大量繁殖，造成极大损害。
仓虫对水稻种于为害的严重程度，一方面决定于仓虫的破坏性，同时也随仓虫繁殖力的强弱转移。当每千克水稻种子中有米象20头以上时，就能引起种温上升，每千克超过50头时，种温上升更明显，仓虫大量繁殖，除引起种子发热霉变外，还能剥蚀水稻种子的皮层和胚部，使其完全失去种用价值，同时降低酶的活性和维生素含量，还使蛋白质及其他有机营养够质遭受严重损耗。
水稻种子在贮藏过程中，除仓虫外，微生物也是一个导致种子变质的主要因素。种子水分达到14％—15％时，霉菌就能繁殖；水分达到16％－18％时，一般细菌和酵母菌即能繁殖，而灰绿霉素即使在13.5％－14.5％的情况下出能繁殖。
采用密闭贮藏法对抑制微生物的活动有很大效果，但必须在稻谷充分干燥、空气相对湿度较低的情况下，才能起到抑制微生物活动的作用。
